改革发展与治理现代化研究所（原“区域经济研究中心”）
农业农村现代化研究院（原“人口资源环境研究所”）
绿色经济发展研究院
财务大数据研究院
劳动财务发展研究院（原“公司治理研究中心”）
财务与会计研究院
财务与可持续发展研究院（原“财会信息技术研究所”）
审计研究院
服务质量研究院
区域人才战略研究院
案例开发与研究中心（原“旅游发展研究中心”）
创新创业研究中心（原“创新创业与战略研究中心”）
长江与大运河文化研究院
土地与城乡发展研究中心
企业文化与党建研究中心
法治文化作品创新研究中心
金融法律与政策研究所
财经法研究中心
外国语学院翻译研究所
中国书画艺术研究所
CI设计研究中心
质量管理与科技创新研究中心
南京财经大学数字经济与技术应用中心（原“金融数学研究所”）
